《魔偶马戏团》的故事围绕着少年齐藤一郎展开。一郎的爷爷是著名的人偶师，却被邪恶组织“小丑团”杀害，爷爷临终前将拥有特殊能力的人偶“爱迪生”托付给一郎。此后，一郎带着爱迪生踏上为爷爷复仇的艰难之旅。在这个过程中，他结识了许多志同道合的伙伴，他们一起对抗“小丑团”。“小丑团”的成员各怀诡异能力，他们妄图利用人偶来达成不可告人的邪恶目的。一郎等人不断成长，在一次次战斗中，他们逐渐揭开“小丑团”背后隐藏的巨大阴谋。每一场战斗都惊心动魄，充满了奇幻色彩，人偶们也在关键时刻发挥出强大的力量，帮助一郎等人化险为夷。