《魔女的使命》围绕着高中生二之宫凑展开。二之宫凑原本过着平凡的校园生活，却突然被卷入了一场奇异事件。他意外得知同班同学花园百合香是魔女，而自己成为了魔女保护的对象。花园百合香拥有强大的魔法能力，但性格傲娇又毒舌。在保护二之宫凑的过程中，两人不断产生摩擦和搞笑的互动。随着故事发展，他们遭遇了各种来自其他魔女组织的挑战，这些组织企图伤害二之宫凑，以达到某种不可告人的目的。二之宫凑也在与花园百合香的相处中逐渐成长，从最初的不知所措，到后来勇敢地与她并肩作战。他们在一次次危机中加深了彼此的信任和感情，共同面对充满魔法与危险的世界。