《魔法少女奈叶As》承接前作剧情，讲述了奈叶升入中学后，生活看似平静，实则暗流涌动。神秘组织“圣石之种”事件爆发，大量圣石之种散落在城市各处，引发各种奇异现象。奈叶与好友菲特、高町美由希、八神疾风等人再次拿起魔法杖，踏上守护世界的征程。在战斗中，奈叶不断突破自我，提升魔法实力，她和菲特之间的羁绊也愈发深厚。同时，新角色八神疾风登场，她身为圣石之种事件幕后组织的领导者，内心善良却身不由己。奈叶等人在与疾风及其手下战斗的过程中，逐渐了解到事件背后的真相，最终化解了危机，守护了世界和平，也收获了更加珍贵的友情。