《皿三昧》的故事围绕着高中生矢逆一稀、久慈悠和小豆梓忍展开。他们被神秘组织要求通过「河童化」收集人类的「欲望之沼」，以对抗名为「业魔」的怪物。一稀原本是个普通学生，悠则是性格开朗的少年，小豆梓忍则有着不为人知的过去。在收集欲望的过程中，他们需要借助「Shiyagare 皿三昧」，通过与他人的「猥亵」行为来获取。随着故事推进，他们逐渐揭开了背后复杂的阴谋。原来这一切与神秘的「企鹅胶囊」有关，背后还牵扯到他们各自的身世和情感纠葛。三人在不断战斗中，不仅要面对业魔的威胁，还要处理彼此之间的矛盾和成长的烦恼，在这个奇幻又充满深意的世界里探寻真相。