《萌萌侵略者》的故事围绕着高中生相马拓也展开。相马拓也原本过着普通的高中生活，却突然被召唤到了异世界阿尔西亚。这个异世界正处于战争状态，而他被召唤的目的是作为“侵略者”帮助一方势力。相马拓也凭借着现代的知识和智慧，在异世界崭露头角。他结识了许多性格各异的伙伴，有傲娇的公主莉艾尔，她虽然身份高贵但内心善良；还有可爱的魔法少女诺诺。在与伙伴们并肩作战的过程中，相马拓也不仅要应对战争的威胁，还要处理复杂的人际关系和政治斗争。他努力在异世界生存下去，同时也在改变着这个世界的格局，一系列精彩又搞笑的故事不断上演。