《来自新世界》故事设定在千年后的日本，主人公渡边早季生活在一个看似和平美好的村庄。这里的人们拥有超能力“咒力”，但也有着严格的规则来约束咒力的使用。早季与好友觉、瞬、真理亚和守一同成长，然而平静的生活逐渐被打破。瞬突然离奇失踪，之后真理亚和守也带着孩子逃离村庄。早季和觉开始调查真相，却发现村庄背后隐藏着巨大的秘密。原来，拥有咒力的人类会受到一种名为“愧死机制”的制约，但这种机制并非完美。他们还发现了被视为禁忌的“恶鬼”和“业魔”的存在，以及村庄为了维持平衡所采取的残酷手段。在不断探寻真相的过程中，早季和觉逐渐成长，他们必须在守护村庄和打破旧有规则之间做出艰难抉择。