《克隆高校第一季》围绕一群克隆人学生展开。在这所特殊的高校里，每个学生都是某个名人或重要人物的克隆体。主角是林肯总统的克隆人亚伯，他努力适应校园生活，同时还要面对身为克隆人的身份困惑。学校里还有猫王克隆人埃尔维斯、圣女贞德克隆人琼等。他们在校园中经历各种趣事和挑战，比如要应对严格的校规，还要处理同学之间复杂的关系。有一次，学校举办活动，不同克隆人之间因为理念不同产生了冲突，亚伯努力从中调解。在这个过程中，他们也逐渐发现了关于克隆计划背后的一些秘密，而这些秘密可能会改变他们的命运和整个学校的走向。