《机动战士高达SEED DESTINY HD重制》延续了前作的故事，背景设定在人类向宇宙移民并形成调整者与自然人对立的世界。主角真·飞鸟是一名失去家人的调整者少年，怀着对战争的仇恨和对和平的渴望，他加入了扎夫特军队，驾驶着脉冲高达参与战斗。在战斗过程中，真结识了阿斯兰·萨拉等伙伴，同时也与基拉·大和等旧作角色产生交集。随着剧情推进，各方势力之间的矛盾不断升级，战争愈发残酷。真在经历了一系列战斗和挫折后，逐渐对战争的意义产生怀疑。而基拉等人也为了阻止战争的扩大，努力寻找和平的解决之道。剧中精彩的高达对战场面、复杂的人物关系和深刻的主题探讨，展现了战争的残酷与人性的光辉。