《机动战士高达0079》故事发生在宇宙世纪0079年，地球联邦与吉恩公国之间爆发了激烈的战争。少年阿姆罗·雷在机缘巧合下驾驶上了联邦秘密开发的新型机动战士——高达。阿姆罗原本只是个普通的少年，驾驶高达后逐渐成长为一名优秀的驾驶员。在战争中，他结识了不少伙伴，如开朗的凯·西汀、温柔的芙劳·宝等。同时，他也遭遇了强大的对手，像夏亚·阿兹纳布尔，这位红色彗星驾驶着扎古战机，给联邦军带来了巨大威胁。双方在宇宙、地球等多个战场展开了惊心动魄的战斗，阿姆罗在一次次战斗中不断突破自我，而战争也让他深刻体会到了其残酷性和对人性的考验。最终，在各方的努力下，战争走向了结局，人们也开始反思这场战争带来的伤痛与教训。