《皇朝太医》围绕着三位太医展开故事。平常（孙耀威 饰）本是不懂医术的小混混，因机缘巧合冒充太医进入太医院。他性格活泼机灵，在宫中闹出不少笑话，却也凭借善良和智慧赢得众人好感。沈知义（任泉 饰）是太医院的天才太医，医术精湛，为人正直，一心想凭借医术济世救人。平常与沈知义从最初的误会冲突，逐渐成为惺惺相惜的好友。 剧中还有美丽善良的郡主，她与平常、沈知义之间产生了复杂的情感纠葛。同时，宫廷中权力斗争不断，太医们也被卷入其中。他们既要应对宫廷中的明争暗斗，又要凭借医术拯救病人。平常和沈知义在这重重困境中，坚守医者仁心，最终挫败了反派的阴谋，守护了宫廷的安宁与百姓的健康。