在未来世界，人类与电子机械的融合达到前所未有的程度。草薙素子是公安九课的队长，她拥有义体，具备超越常人的能力。公安九课负责处理各类高科技犯罪和恐怖活动。一次，网络中出现神秘的黑客“傀儡师”，他能操控人类的思想和电子设备，引发了一系列混乱和危机。草薙素子带领队员展开调查，在追踪过程中，她逐渐发现“傀儡师”背后隐藏着关于人类意识和存在意义的深刻秘密。随着调查深入，草薙素子开始对自己的身份和意识产生怀疑，她与“傀儡师”之间的接触，也让她面临着艰难的抉择，是坚守原有的认知，还是接受新的存在方式，影片在科技与人性的碰撞中，探讨了意识、身份和自由的主题。