《攻壳机动队第一季》的故事发生在未来世界，人类可以将身体的大部分替换为义体，这一科技的发展带来了新的犯罪形式——黑客可以入侵义体控制人类。公安九课是专门处理这类高科技犯罪的特殊部门，草薙素子是九课的队长，她拥有完全义体化的身体，具备强大的战斗力和敏锐的洞察力。在一次案件中，他们追踪一名能够自由侵入他人义体的神秘黑客“傀儡师”。随着调查深入，九课成员发现“傀儡师”的目的似乎并非单纯的犯罪，背后隐藏着关于人类意识、灵魂与科技融合的深刻问题。在不断与各类高科技罪犯交锋的过程中，草薙素子和队友们也在思考义体化带来的伦理困境，以及人类存在的本质。他们既要应对外部的犯罪威胁，又要面对内心对自我认知的挑战。