《干支魂》的故事围绕着十二个拥有干支之力的少女展开。在这个世界里，干支神的力量被封印，而十二个少女被选中成为干支神的容器，她们分别代表着子鼠、丑牛等十二地支。主角戌井叶月是个开朗活泼的女孩，她成为了戌狗干支神的宿主。少女们平时过着普通的校园生活，但当邪恶势力“外道”出现时，她们就要变身战斗。在战斗过程中，少女们不断成长，逐渐掌握干支神的强大力量。她们不仅要对抗外道，还要解开干支神力量封印背后的秘密。在这个过程中，少女们之间的友情也不断加深，共同面对各种挑战和困难。