《父亲的身份》以20世纪40年代末为背景，围绕着俞北平展开。俞北平表面是国民党国防部二厅的上校处长，实则是潜伏多年的中共地下党。他的女儿俞娜从美国留学归来，这让俞北平的潜伏工作面临巨大挑战，稍有不慎就可能暴露身份。同时，美军少校约翰·奎因离奇死亡，俞北平被上级要求协助破案，在调查过程中他发现案件背后隐藏着巨大阴谋。国民党保密局的郑翊怀疑俞北平的真实身份，对他展开了一系列调查和试探。俞北平凭借着自己的智慧和多年的潜伏经验，一次次化解危机，既要完成党组织交代的任务，又要保护好自己和家人，在复杂的局势中与各方势力斗智斗勇。