《地缚少年花子君》围绕着少女八寻宁宁展开，她是个怀揣着恋爱心愿的女高中生，为了实现愿望，她向学园怪谈中的「厕所里的花子君」许愿。没想到召唤出的花子君，竟是一位身着旧校服、顶着乱糟糟头发的少年幽灵。花子君答应帮宁宁实现愿望，但条件是让宁宁成为他的助手，一起处理校园里的怪异事件。 在这个过程中，他们结识了源光等伙伴，也遭遇了各种强大的怪异，像人鱼公主怪异引发的事件，让宁宁陷入危险。花子君为保护她，不惜与强大对手战斗。同时，花子君身上也隐藏着诸多秘密，他的过去与校园里的怪异有着千丝万缕的联系。随着故事推进，八寻宁宁和花子君在一次次冒险中感情逐渐加深，他们共同面对校园里的各种神秘与危险。