《初音岛III》的故事发生在充满魔法樱花树的初音岛上。主人公朝仓纯一升入风见学园，在这里开启了全新生活。他结识了天枷美夏，美夏开朗活泼，对纯一有着特别的好感。同时，还有雪村杏等性格各异的女孩围绕在纯一身边。学园生活丰富多彩，有学习的压力，也有社团活动的欢乐。纯一在与女孩们的相处中，逐渐产生了不同的情感羁绊。魔法樱花树的存在为故事增添了神秘色彩，它似乎有着某种力量，影响着岛上人们的命运和情感。在这个过程中，纯一不断成长，也在爱情的道路上做出自己的选择。