《创圣大天使 LOGOS》的故事发生在人类与异星生命体“堕天使”持续战斗的世界。主人公神乐坂真白是个对音乐充满热爱的少年，他就读于培养对抗堕天使战士的阿卡德米学园。在学园里，真白结识了性格各异的伙伴，如傲娇少女御子乃来夏、温柔的水无月遥等。一次偶然的机会，真白发现自己拥有与创圣大天使合体的特殊能力。从此，他和伙伴们驾驶着创圣大天使，与堕天使展开了一场又一场激烈战斗。在战斗过程中，他们不仅要面对强大的敌人，还要处理彼此之间的情感纠葛和学园中的各种矛盾。随着剧情推进，真白逐渐成长，他和伙伴们也在不断磨合中变得更加团结，共同为守护人类的未来而努力。