《超市特工第二季》延续第一季剧情，主角查克依旧是那个平凡超市员工，却因脑中植入“间谍软件”而拥有特殊能力。这一季中，查克面临更多复杂任务与挑战。他与莎拉、凯西的特工团队合作愈发默契，同时感情线也有新发展。查克和莎拉在执行任务过程中，感情逐渐升温，暧昧氛围弥漫。在一次解救被绑架科学家的任务里，查克凭借软件能力破解关键密码，成功救出科学家。然而，反派势力不断升级，新的敌人带着更强大阴谋出现，企图利用查克的能力达成不可告人目的。查克不仅要应对外部敌人，还要处理与家人的关系，在特工身份和平凡生活间艰难平衡。