《北灵少年志之大主宰》以少年牧尘的成长为主线。牧尘出生于北灵境九大域之一的牧域，他的母亲因拥有上古神族血脉遭人迫害，牧尘也因此被族人轻视。但他并未屈服，凭借着顽强的毅力和天赋不断修炼。在北灵院，他结识了洛璃和柳慕白等人。洛璃气质出尘，实力不凡，与牧尘相互欣赏，两人携手共同进步。而柳慕白心胸狭隘，视牧尘为劲敌，多次设计陷害。牧尘在一次次挑战中逐渐强大，不仅在北灵院崭露头角，还代表北灵院参加竞技赛，击败强敌。之后，他为了寻找母亲的下落和提升实力，踏上更为艰险的征程，在这过程中不断揭开隐藏在背后的巨大阴谋，同时也收获了友情与爱情。