《薄樱鬼第一季》以日本幕末为时代背景，讲述了少女雪村千鹤的故事。千鹤的父亲是医生，因研究一种名为“赤面病”的神秘病症失踪，她为寻找父亲来到京都。在那里，她意外卷入新选组与敌人的冲突，被新选组局长近藤勇等人所救，并加入新选组。新选组是维护京都治安的重要力量，但内部却面临着诸多危机。原来，新选组部分成员因服用了“鬼之血”而拥有了强大的力量，却也逐渐失去自我。千鹤在新选组中结识了土方岁三、冲田总司等性格各异的成员，与他们一同经历了无数战斗与生死考验。随着剧情发展，新选组在时代的浪潮中逐渐走向衰落，成员们也一个个倒下，千鹤在这乱世中见证了友情、爱情与忠诚的消逝，也在不断成长。