《我的药店通古代》讲述现代女药师林悦的奇妙穿越故事。林悦在一场意外爆炸后，灵魂穿越到古代，附身于同名的落魄小医女身上。此时，原主因得罪权贵，药店面临被查封，生活陷入绝境。林悦凭借现代先进的医药知识和经营理念，开始拯救药店。她改良传统药方，研制出疗效显著的新药，吸引众多患者。同时，她巧妙应对权贵刁难，结识了善良的富家公子苏铭和神秘的江湖侠女婉儿。三人携手，不仅让药店生意火爆，还揭露了权贵的阴谋，在古代闯出一片天。