《最佳拍档3：女皇密令》延续了前作的喜剧风格，故事围绕着价值连城的黑珍珠展开。光头神探（许冠杰 饰）和金刚（麦嘉 饰）这对最佳拍档再度出击。英国女皇密令香港警方找回被偷走的黑珍珠，而此时黑珍珠已落入大盗白手套（王晶 饰）手中。白手套为躲避追捕，将黑珍珠藏在一尊佛像里。拍档二人在追寻黑珍珠的过程中笑料百出，不仅要与白手套斗智斗勇，还遭遇了各种奇葩状况。他们误打误撞进入了一个神秘组织的地盘，引发了一系列惊险又搞笑的情节。最终，凭借着两人的智慧和默契，成功找回黑珍珠，完成了女皇密令。