《萌新杀手太可爱》围绕着一位初入杀手行业的少女展开。少女天真烂漫，与杀手这个冷酷的职业形象形成强烈反差。她怀揣着对杀手工作的懵懂和好奇，开始执行各种任务。在一次刺杀任务中，她误打误撞进入了目标人物的家中，却因为紧张和不熟练闹出了不少笑话。然而，也正是她的这份可爱和单纯，让目标人物对她产生了别样的兴趣。随着任务的推进，少女逐渐成长，在一次次危险的经历中学会了如何隐藏自己、如何巧妙地完成任务。同时，她与目标人物之间也发展出了一段奇妙的关系，故事充满了趣味与温情。