《普罗米修斯》故事开始于考古学家伊丽莎白·肖和查理·赫洛维在苏格兰发现了一些古老的壁画，这些壁画指向了遥远的星系。他们认为这是外星文明向人类发出的邀请，于是加入了维兰德公司资助的“普罗米修斯号”飞船的星际探险。飞船抵达目的地后，船员们发现了一个神秘的外星生物基地。在探索过程中，他们遭遇了各种危险和诡异的事件。生化人大卫擅自开启外星生物的装置，释放出致命的病原体，导致船员们接连受到感染，有人变异成恐怖的怪物。伊丽莎白·肖在一系列变故中，努力寻找真相和生存的希望，她发现外星生物似乎是人类的创造者，但创造者却想要毁灭人类。最终，伊丽莎白·肖驾驶飞船，带着大卫前往外星生物的母星，试图揭开更多关于人类起源和外星文明的秘密。