在神海岛流传着关于海底宫殿“绀碧之棺”和两名女海盗安·宝妮和玛莉·瑞德的传说。柯南、小兰、园子等人来到神海岛度假，参加海底观光潜水活动。然而，潜水店老板的潜水船突然爆炸，一名潜水员失踪。之后，宝藏猎人松本光次被人杀害，现场留下了神秘的文字。随着调查深入，柯南发现这些事件与女海盗的宝藏有关。在寻找线索过程中，小兰和园子被宝藏猎人劫持，困在了海底洞穴中，氧气也所剩不多。柯南凭借着智慧和勇气，解开了宝藏的秘密，找到了女海盗留下的真正宝藏，同时也成功解救了小兰和园子，让罪犯得到了应有的惩罚。