《结界师》围绕墨村良守展开，他出身结界师世家墨村一族，拥有强大的结界师天赋。良守表面上是个有些懒散的少年，常与同学乌森银次一起上学，但实际上肩负着守护结界、对抗妖怪的重任。墨村一族分为里会和表会，里会负责与妖怪战斗，表会则负责处理日常事务。良守所在的墨村家是里会的重要力量。 在一次偶然的机会中，良守结识了雪村时音，她同样拥有特殊能力。随着故事发展，良守等人遭遇了各种强大的妖怪，他们一次次运用结界术与妖怪展开激烈战斗。良守不断成长，逐渐掌握了更强大的结界技能。同时，他也在家族的纷争和妖怪的威胁中，明白了自己作为结界师的使命，要守护人类与妖怪之间的平衡，保护人类世界不受妖怪侵害。