《菲律宾恐怖故事16》包含多个恐怖故事单元。其中有在古老村庄里，村民们接连遭遇诡异事件，一个小女孩声称能看见死去之人的灵魂，这些灵魂不断发出警告，而村民们起初并不相信，直到恐怖事件愈发频繁且血腥，有人离奇死亡，死状恐怖，村民们才开始陷入恐慌，四处寻找破解之法。还有在一所废弃医院中，几个年轻人为了寻求刺激进入探险，却发现医院里的医疗设备自动运转，病房里传出奇怪的声响，他们逐渐迷失在迷宫般的医院中，不断有同伴失踪，剩下的人在恐惧中发现医院背后隐藏着的邪恶人体实验秘密，每一次的探索都让他们离真相和危险更近一步，而真相背后的恐怖力量也在逐渐将他们吞噬。