《女神异闻录3剧场版第一章春生》围绕着转校生神乡慎展开。神乡慎来到新学校后，逐渐发现夜晚会出现被称为“暗时”的特殊时段，在这个时段里，人类会陷入沉睡，而各种怪物会出现。他结识了一群同样能在暗时行动的伙伴，他们拥有召唤“人格面具”的能力，以此对抗怪物。神乡慎也在伙伴们的帮助下，觉醒了自己的人格面具。他们组建起特别课外活动部，一边探索“暗时”的秘密，一边与不断出现的怪物战斗。在这个过程中，伙伴们相互扶持，共同成长，也逐渐揭开了“暗时”背后隐藏的惊人真相。