小智、小霞和小刚来到了一个被森林覆盖的小镇。在这里，他们遇到了能穿越时空的神奇宝贝时拉比。时拉比从 3000 年后穿越而来，它被邪恶的火箭队成员希尔斯盯上。希尔斯妄图抓住时拉比，利用它穿越时空的能力改写历史，让自己成为世界的霸主。 小智一行人决定保护时拉比，他们与希尔斯展开了一场激烈的较量。在战斗过程中，他们结识了一位神秘少年雪成。雪成其实是 3000 年前被希尔斯杀害后又被时拉比复活的人，他也加入到保护时拉比的队伍中。 最终，在众人的努力下，他们成功阻止了希尔斯的阴谋，时拉比也回到了属于它的时空，而小智他们则带着这段奇妙的经历，继续踏上新的旅程。