小智一行人来到了位于东之孤岛的宝可梦圣地，这里流传着关于古代宝可梦战争以及幻之宝可梦盖诺赛克特的传说。突然，火箭队出现捣乱，在混乱中，一只神秘的宝可梦盖诺赛克特现身。它被邪恶组织改造，拥有强大的力量且失去了自我意识。与此同时，超梦也因盖诺赛克特的出现而觉醒。超梦拥有强大的念力和战斗能力，它与盖诺赛克特展开了激烈的对决。小智和他的伙伴们为了阻止这场灾难，帮助宝可梦们恢复和平，也加入到战斗中。他们凭借着与宝可梦之间的深厚羁绊和坚定信念，在战斗中不断成长，最终成功化解了危机，让盖诺赛克特恢复了正常，也让超梦明白了真正的力量该如何使用。