小智、小霞和小刚来到了美丽的水都阿尔玛斯。在这里，小智等人结识了少年亚希达。亚希达能和传说中的宝可梦拉帝亚斯、拉帝欧斯心灵相通，拉帝亚斯还幻化成人类女孩的模样与亚希达相处。然而，邪恶组织盯上了拉帝亚斯和拉帝欧斯，企图捕捉它们。小智一行人决定帮助亚希达保护这对水都守护神。在战斗中，拉帝亚斯不幸被邪恶组织抓住，拉帝欧斯则和小智等人一起展开营救行动。他们历经艰难险阻，最终成功救出拉帝亚斯。在大家的共同努力下，邪恶组织被击退，水都恢复了往日的平静，拉帝亚斯和拉帝欧斯也继续守护着这片美丽的土地。