小智、小霞和小刚来到了美丽的水都阿尔玛斯。在这里，小智等人结识了少年亚希达。亚希达拥有能和神奇宝贝心灵相通的能力，他还知晓拉帝亚斯和拉帝欧斯这对水都守护神的秘密。然而，一群邪恶组织盯上了拉帝亚斯和拉帝欧斯，企图捕捉它们。拉帝亚斯为了保护拉帝欧斯，被邪恶组织抓住。小智等人决定帮助亚希达一起营救拉帝亚斯。在这个过程中，他们与邪恶组织展开了激烈的战斗。最终，小智等人成功救出拉帝亚斯，拉帝亚斯和拉帝欧斯也释放出强大的力量，守护了水都阿尔玛斯，小智一行则带着这段难忘的经历继续踏上新的旅程。