《暗杀教室：毕业篇》延续了前作的故事，学生们依旧肩负着暗杀杀老师的任务。杀老师曾扬言要在学年结束时毁灭地球，这群 E 班的学生们一边学习，一边训练暗杀技巧。在毕业之际，他们面临着最终的抉择。乌间老师带领新的学生团队也参与到这场特殊的战斗中。学生们与杀老师之间有着深厚的师生情谊，这让暗杀行动变得更加艰难。最终决战来临，学生们在情感与使命之间挣扎，他们能否成功完成暗杀任务，又能否在这一过程中坚守内心的情感，影片给出了令人动容又意外的答案。