《黑色止血钳》围绕外科医生渡海征司郎展开。渡海是个技术高超却性格乖张的医生，他厌恶医院里的权力斗争和明哲保身的风气。在圣林大学附属医院，他与同事们在手术台上有着不同理念的碰撞。一次高难度心脏手术中，渡海凭借精湛技艺力挽狂澜，却也因不按常规出牌得罪了医院高层。医院内部为了利益，在医疗决策上常有不当之举，渡海坚决抵制。他与一心追求名誉地位的院长派医生们矛盾不断，同时也和坚持正义的年轻医生白石惠里等人结下深厚情谊。他们一起在复杂的医疗环境中，为患者的生命和医疗的公正而努力抗争。