《外科医生马丁 第二季》继续围绕性格古怪却医术高超的外科医生马丁·埃林厄姆展开。马丁回到故乡波特温村行医，他依旧难以适应乡村的生活节奏和村民们的相处方式。在这一季里，他要面对各种棘手的病例，有村民意外受伤、突发疾病等状况，尽管他医术精湛，但沟通上的障碍还是让他和患者之间产生不少小摩擦。同时，马丁和护士路易莎的感情也有了新发展，两人在相处中逐渐加深了解，不过也会因为马丁的古怪性格产生矛盾。此外，村里的生活琐事不断，马丁还要应对各种社交场合，他在努力融入这个小村落的同时，也在不断成长和改变。