鸣人、小樱、佐助和卡卡西接到护送勘探队前往沙漠调查的任务。途中，他们遭遇了神秘的沙漠忍者袭击，勘探队成员被掳走，只留下一张写有“地底遗迹”的地图。为了查明真相并救回队员，众人深入地底遗迹。在那里，他们发现了一个由巨大机器人守护的神秘世界，居住着一群拥有特殊能力的人。首领兰丸拥有控制磁力的能力，他企图利用机器人征服世界。鸣人等人与兰丸展开了激烈战斗，佐助为救鸣人陷入危机。关键时刻，鸣人爆发九尾之力，最终击败兰丸，拯救了地底世界，也顺利完成任务，带着勘探队成员离开了遗迹。