《超凡少年毕业季》延续了前作的奇幻校园风格，故事围绕着一群拥有特殊能力的学生展开。桐是其中关键人物，他拥有能读取他人记忆的超能力。在毕业季这个特殊节点，学校里暗流涌动，学生们不仅要面对毕业的压力，还要应对各种超自然事件带来的挑战。 学校中出现神秘组织，他们企图利用学生们的超能力达成不可告人的目的。桐和他的伙伴们，如拥有心灵感应能力的楠、能控制元素的凯等，为了保护彼此和学校，决定联手对抗神秘组织。在这个过程中，他们不断挖掘自身能力的极限，也经历了友情与信任的考验。 随着剧情推进，他们逐渐揭开神秘组织背后的阴谋，原来这一切与学校的一段黑历史有关。最终，桐等人凭借智慧和超能力，成功阻止阴谋，守护了学校和同学们的未来，也在毕业之际完成了自我成长。