《厕所女神》围绕着小学生秋菜展开。秋菜的妈妈早逝，爸爸工作繁忙，她只能和妹妹彩香相互依靠。一天，秋菜在老旧的厕所里发现了一个神秘的小精灵，小精灵自称是厕所女神。起初秋菜并不相信，可随着和厕所女神的相处，她逐渐接受了这个奇妙的存在。 厕所女神会在秋菜遇到困难时给予鼓励和帮助。秋菜在学校面临着同学的欺负和学习的压力，妹妹彩香也因为妈妈的离世变得内向。在厕所女神的陪伴下，秋菜慢慢变得坚强，她努力照顾妹妹，积极面对生活。后来，家里要改造厕所，厕所女神面临消失的危机。秋菜为了留住厕所女神，和妹妹一起努力，最终一家人在这个过程中感受到了亲情的温暖，秋菜也明白了要勇敢面对生活的挑战。