《非常小特务2》中，天才特工兄妹卡门和朱尼遭遇新危机。他们的父母格雷格和英格丽德也是特工，一家人本过着相对平静的生活。但这次，神秘的罗克·鲁伊斯在一座孤岛上建立了主题公园，吸引众人前往，实则隐藏着不可告人的阴谋。鲁伊斯利用高科技控制游客，企图实现自己的邪恶计划。卡门和朱尼临危受命，前往孤岛调查。在岛上，他们遇到各种奇异的陷阱和危险，还结识了一些同样被困的小伙伴。兄妹俩凭借聪明才智和特殊技能，突破重重难关，与鲁伊斯展开激烈对抗。最终，他们成功挫败鲁伊斯的阴谋，拯救了被困的人们，再次证明了小特工们的非凡实力。