春日部防卫队迎来了新挑战，这次是神秘的三分钟嘎巴大进攻。小新依旧是那个充满奇思妙想又调皮捣蛋的孩子，他和小伙伴们风间、正南、阿呆、妮妮在春日部的生活原本平静又欢乐。然而，突然出现的神秘力量让时间变得异常，每三分钟就会有奇怪的事情发生。 神秘力量让春日部陷入混乱，街道上的物品开始无序移动，人们的行动也受到影响。小新和伙伴们决定挺身而出，组成特别行动小组。他们在寻找解决办法的过程中状况百出，小新总是在关键时刻做出让人哭笑不得的举动，但也歪打正着发现了一些线索。 经过一番努力，他们终于找到了神秘力量的源头，原来是一个想要改变世界时间规则的反派。春日部防卫队齐心协力，发挥各自的特长，最终成功阻止了反派，让春日部恢复了往日的平静，又可以继续他们欢乐的日常。