在这部影片中，日本的一座小岛上，科学家们发现了神秘的植物生命体。生物学家高田博士在研究中发现，这种植物可能是古代生物碧奥兰蒂的一种形态。与此同时，哥斯拉从海底出现，朝着日本本土进发，所到之处一片狼藉。高田博士为了阻止哥斯拉，决定利用碧奥兰蒂的力量。他通过特殊手段让碧奥兰蒂觉醒，使其与哥斯拉展开对抗。碧奥兰蒂拥有强大的植物攻击能力，能释放藤蔓和孢子等进行攻击。而哥斯拉则凭借其强大的身躯和原子吐息，与碧奥兰蒂打得难解难分。双方在城市中展开了激烈的战斗，城市建筑不断被摧毁。最终，这场世纪对决的结果究竟如何，是哥斯拉继续称霸，还是碧奥兰蒂成功阻止它，成为影片最大的看点。