《猫侍剧场版》延续了剧集的风格，主角是外表冷酷的武士半藏，他剑术高超，却有着不为人知的温柔一面——对猫极度喜爱。故事发生在江户时代，半藏依旧带着他收养的猫四处流浪。此时，江户城陷入了一场危机，一股神秘势力暗中策划着颠覆政权的阴谋。半藏偶然间卷入其中，他发现这背后的主谋手段残忍且势力庞大。在调查真相的过程中，半藏结识了一群志同道合的伙伴，他们一起对抗邪恶势力。半藏不仅要凭借自己的剑术与敌人战斗，还要保护好身边的猫和朋友。最终，半藏和伙伴们凭借勇气和智慧，成功挫败了阴谋，守护了江户城的和平，而半藏也继续带着他的猫踏上新的旅程。