伊森·亨特所在的IMF小组遭到美国政府解散，他却意外发现一个名为“神秘国度”的恐怖组织。该组织由一群对现有秩序不满的特工组成，妄图通过制造恐怖事件来重塑世界格局。伊森不顾被通缉的身份，联合盟友班吉、伊尔莎等人，开始对抗“神秘国度”。他们先是在维也纳歌剧院阻止了一场暗杀，又追踪到摩洛哥，在沙漠飙车、飞机上打斗。过程中，伊森与伊尔莎的关系复杂微妙，伊尔莎身份成谜，时而帮助伊森，时而让他陷入困境。最终，伊森在伦敦成功捣毁“神秘国度”的阴谋，IMF小组也恢复了合法地位。