《谍影重重2》的故事紧接前作，杰森·伯恩和玛丽隐居在印度。然而，伯恩平静的生活因一起刺杀事件被打破，他被CIA认定为凶手。原来，CIA高层为掩盖多年前的秘密行动，想借伯恩之手除掉知晓内情的人。伯恩一边躲避CIA特工尼科和杀手克罗斯的追杀，一边凭借超强的身手和智慧展开调查。他循着线索来到柏林，在与克罗斯的多次交锋中逐渐揭开真相。玛丽在这场风波中不幸遇害，这让伯恩更加坚定复仇。最终，伯恩在地铁隧道与克罗斯展开生死对决，成功击败对手，也让CIA的阴谋浮出水面。