《剧场版Collar×Malice -deepcover- 后篇》延续了前作的紧张刺激剧情。故事围绕着女主香月翔子展开，她身处充满危险与阴谋的世界。在与伙伴们一同对抗邪恶组织的过程中，危机不断升级。此前他们发现了敌人的部分阴谋，但仍有诸多谜团待解。后篇中，翔子和她的同伴们深入敌人的核心地带，遭遇了更为强大的对手。他们不仅要面对敌人的猛烈攻击，还要在复杂的环境中寻找关键线索。随着剧情推进，伙伴之间的羁绊得到进一步考验，有人为了保护大家不惜牺牲自己。最终，他们能否成功揭开所有阴谋，拯救城市于水火之中，成为了故事的最大悬念。