《忍者神龟3》中，时空裂缝突然开启，将忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗传送到了17世纪的日本。在这个陌生的时代，他们遭遇了各种挑战。当地的封建领主正在进行权力争斗，邪恶势力妄图掌控整个地区。忍者神龟们凭借着高强的武艺和团队协作，帮助善良的领主对抗邪恶势力。他们不仅要面对凶狠的武士，还要应对各种阴谋诡计。在战斗过程中，神龟们结识了勇敢的日本女孩阿叶，她成为了神龟们的重要伙伴。最终，忍者神龟们成功击败了邪恶势力，恢复了当地的和平，也找到了回到现代的方法，结束了这场奇妙的时空之旅。