毛利小五郎收到了一封署名为“钻石强盗集团”的信，信中称要取走他手上价值两亿日元的大钻石“雷神的锤子”。柯南、小兰、毛利小五郎前往饭店保护钻石，在那里遇到了服部平次。期间，大钻石不翼而飞，柯南与平次开始追踪。与此同时，怪盗基德也现身，他似乎也对这颗钻石有所图谋。在追踪过程中，他们发现钻石可能被藏在了一辆列车上。柯南和平次在列车上展开调查，与基德斗智斗勇。他们要解开钻石失踪的谜团，阻止钻石被盗走，一场精彩的智力与体力的较量就此展开。