《皇朝太医》围绕着三位主角展开。平常（孙耀威 饰）本是个小混混，机缘巧合下得到了医仙的真传，医术突飞猛进。他性格活泼机灵，善良正义。段堂（任泉 饰）是太医院的太医，医术精湛，为人正直，一心想在太医院有所作为。平常和段堂在太医院相遇，起初因理念不同产生了不少摩擦，但后来成为了好友。 红颜知己云萝公主（李婷宜 饰），美丽聪慧，她与平常、段堂之间有着复杂的情感纠葛。在宫廷之中，他们面临着各种阴谋诡计和权力斗争。太医院内部也存在着明争暗斗，有人为了一己私利不择手段。平常和段堂凭借着高超的医术和坚定的信念，一次次化解危机，拯救病人。他们不仅要在医术上不断精进，还要在宫廷的复杂环境中生存下去，最终在宫廷风云中坚守住了医者的初心。