《攻壳机动队SAC_2045持续可能战争》的故事设定在近未来，人类与电子机械的融合程度大幅加深，义体成为普遍现象。公安九课成员草薙素子、巴特等人活跃在维护社会秩序的一线。此时世界面临着“持续可能战争”的状态，恐怖袭击、网络犯罪等问题频发。在一次针对重要设施的恐怖袭击后，九课展开调查，发现背后隐藏着一个庞大且神秘的组织，他们利用先进的网络技术和义体技术策划阴谋。随着调查深入，草薙素子等人逐渐揭开真相，却也陷入了更大的危机。他们不仅要对抗外部敌人，还要面对自身义体与意识之间的矛盾，在这个科技高度发达却又危机四伏的世界中，为了正义和真相不断战斗。