《船长哈洛克》的故事设定在未来世界，地球被污染得满目疮痍，人类只能生活在宇宙殖民卫星上。船长哈洛克率领着他的亚卡迪亚号飞船，成为了宇宙海盗，在宇宙中展开冒险。他的行为被宇宙联邦视为威胁，遭到了联邦的追捕。然而，哈洛克有着自己的信念和理想，他坚信人类应该回归地球，重新建设自己的家园。在一次行动中，哈洛克得知了一个关于地球的秘密，这个秘密可能会让人类重新获得生机。为了实现自己的目标，他带领船员们与宇宙联邦展开了激烈的战斗，在这个过程中，他们不断突破重重困难，也结识了一些志同道合的伙伴。最终，哈洛克能否带领人类回到地球，实现他的理想，成为了故事最大的悬念。